2003年，净慧法师继席后，他向湖北省宗教主管领导申明概不兼任社会职务，集中精力管好四祖寺。他“宵旰难忘”本老的重托，致力四祖寺的宗风再振。他说：“本老来四祖寺做了八个字‘百废俱兴，宗风再振’。我到四祖寺只是四个字‘宗风再振’，而且是继续在本老基础上的宗风再振。本老已经实现了四祖祖庭的百废俱兴而功成身退，交给我的任务是现在和今后长远的工作重点就是办道弘法，搞好宗风再振。用四祖大师所立的禅风，再振祖庭的道风。争取五年之内，把四祖寺建设成为道风纯正、管理有序、环境优美、文化氛围浓厚的禅宗祖庭。”
从继席之日起，净慧法师即以再振宗风为首务，他朝惕夕励，计虑缜密，在兼顾当阳玉泉寺中兴建设的同时，致力于四祖寺的道风、宗风、禅风的重振，实施了一整套不断加强体现四祖寺是禅宗根本道场的思想建设的重要举措。
管理方针——加强团结，理顺关系，健全制度，严肃道风。
弘法理念——大众认同，大众参与，大众成就，大众分享；善用其心，和谐自他；善待一切，造福社会。
禅林生活
一、人事安排四祖寺的丛林组织制度诸节，由于历史湮灭，二十世纪以前已无从考见。然四祖大师首建幽居寺，三十年来，“大作佛事，广开法门，接应群品，四方龙象，尽受归依。”台湾印顺法师《中国禅宗史》中说当时门下五百余人。纵然有流动因素，但保持百人常住的规模，也因为有佛事、禅坐、营造、垦殖、生活安排，亦需要有足够够的人力分工，各领其事，方能有条不紊。而且四祖大师著有《菩萨戒法》、《大乘坐禅三十一相》（均已佚），严持戒禅结合的修行，足见四祖对门人要求甚严。秉承佛制，又有逐年之积累，幽居寺的管理，组织、执事有一套完善严明的制度，后继诸师一以贯之。方可出现在后代佛寺广增的形势下，四祖寺仍保聚众过百的盛况，如两宋之交双峰正觉禅院常住僧200余人，为钦定五山甲刹之一，清康熙初亦有百众。
惠洪觉范作于南宋建炎元年的《双峰正觉禅院涅磐堂记》有如下记述：“¨¨¨而僧祖弥，祖印所贤，而余里闬， 又掌寺权。”“……领衲景修、守诃守诠，至其纲维，又拣耆年。辨众法钦，牧众法琏……祖印为谁？住持仲宣。”仲宣祖印禅师为住持；祖弥掌寺权，当为副寺监院之职；纲维即是现称维那、僧值，由年长者担任；还有辨众、牧众，亦应当为现今执事之古称。
清康熙中期的《四祖禅堂碑记》有载：“四大房者……合众一爨 ，公议其地。”“基为园圃，各有基界。”是明末三昧寂光律师住持四祖寺时常住四大房的管理方式，尤以“合众一爨，公议其地”说明寺中大权仍然掌握在方丈手中。碑文还记述了道纶溥禅师住持四祖寺时“东西住所得其宜，内外安置得其法。”“维那白椎，西堂卷席。”都是四祖寺当时丛林组织严密有序的写照。而“闻普梆，则先出而负其重者大者，闻禅板则同众而食其粗考粝者。”又是道纶溥法师任住持时身先四众甘苦与共的道风戒行的描述。
公元2000年，得以重辉的四祖祖庭一切重新开始，绳继中断半个多世纪的佛制祖规，执行现行的国家法律法令，是四祖寺常住与社会主义社会相适应的根本保证。
作为中国禅宗始兴之最胜道场，四祖寺遵照佛制和国法，从始以来形成了一套适于僧家的完整的常住管理制度。方丈（住持）统理全寺管理重责，四大班首协助方丈主持佛事活动，诱导后学。八大执事各司其职，有职有权，如有重大事宜，则由方丈召集四大班首、八大执事共同协商解决，以国法佛规为准绳赏罚分明。执行人员升降则依照选贤任能的原则，每年农历正月十五、七月十五两次挂牌“请职”。不断更新和充实管理人员，完善丛林组织。这项丛林传统，从四祖寺重辉工程开始，本焕老和尚就强调恢复并付诸实施。
即使在此前紧张繁忙的建寺期间，常住僧人极不稳定，本焕老和尚仍以半年一度的请职令，在各地寺院选派门徒来四祖寺担任执事。1994年底坚光法师任监院，1996年印悟委以西堂，顿宏任知客。1998年妙峰法师应本老之召出任监院，与坚光同操建设事务，此时常住僧众增加，班首、执事均渐有专司。到2000年任职僧人相对稳定，互换渐少。妙峰法师辞去监院之职，应召赴南华寺筹办曹溪佛学院事宜。2002年秋本老又委印通法师任监院，管理财务。2003年农历八月十五日，净慧法师应本老之托继席第二任方丈。此前坚光法师升座鄂州古灵泉寺住持 ，仍保留四祖寺监院之职，净慧法师遂委明基法师任监院，坚光与印通法师同为首座。
规章制度
在与僧职管理分工逐步完善的同时，又制定了一整套各职岗位责任制。1995年秋，由知客顿弘执笔，参照拟定了一套各项规约，计客堂规约13条，斋堂大寮规约13条，客堂财务管理制度8条，常住财会制度17条，长住共住规约20条，客堂挂单规约9条，执事职责分工公约29条，执事工作公约14条，10月经本老审阅签字实施，2003年净慧法师继席，根据佛陀戒律、国务院现行的法律法规，结合当前的社会实际，重订了二十三条《共住规约》，内容是出家人的根本五戒的细化和现时化，旨在共同监督，自净其意，防非离过，建设“六和敬”僧团，共振宗风。
附：《共住规约》
佛制戒律，祖立清规，本为僧众安心修行，防非离过，调治身心，修戒定慧，息贪瞋痴，自净其意，证菩提果。如或不然，来此何益。今与众约，能相体悉，乃可同居；不肯遵行，毋劳共住。
一、全寺僧众，必须遵守宪法和法律，爱国爱教，以寺为家，勤修三学，恪遵六和，违者不共住。
二、住持、班首、执事，均应忠于职守，尽职尽责，爱护常住，关心大众，任劳任怨，廉洁奉公。如有玩忽职守，居职谋私，经批评教育不改者，免其职务。
三、全寺上下均须谨遵佛制，戒行清净，僧仪整肃，犯根本大戒者出院。
四、信徒、护法居士个别供养住持、班首、执事及清众个人之香敬菓仪，一律交库房入账，归常住大众所有，个人不得私自占有。违者，住持一罚五，班首一罚二，执事一罚一，清众不共住。
五、吃荤、腥、鸡蛋，饮酒、吸烟、看戏、看电影、看淫秽书刊、打扑克、下棋、赌博、唱听流行歌曲者，罚已出院。若病非酒莫疗者，白众方服。
六、与坏人交往，危害丛林，搅乱常住者出院。
七、破口相骂，交拳相打者，不论曲直，责已出院。触犯刑律者送公安机关处理。
八、三五成群山门外嬉戏杂话放逸有失威仪者罚，不服者出院。
九、米麦等物，不白住持私自卖用；侵损偷盗常住财务及砍伐树木花果送人者，赔已出院。
十、信施护法入寺，执事和清众私化缘者，量事轻重处罚，不服者出院。
十一、非为公事而私走檀越护法家及经常回俗家，经劝教不改者出院。
十二、师友亲朋来寺探亲，经主管执事同意后方可留膳宿，违者罚。
十三、早晚课诵、二时斋供、坐香、布萨、出坡不随众者罚，不服者出院。公事、有病、年老体弱者除外。
十四、除公事，不在本寮学习，串至各寮，纵意放逸者罚，屡教不改者出院。
十五、普茶日听宣读规约，除公事，不随众者罚。
十六、常住所有公物，概不外借，有特殊情况，经客堂同意方可借出，并负责讨回，违者罚。
十七、轻视耆德，恶闻直言，妄生诽谤，贴大小字报，写匿名信及诬告谩骂人者出院。
十八、尊师重教，恭敬耆德，服从执事安排，遵守殿堂秩序，因私出门必须请假，如有不遵，给予教育、批评、记过，屡教不改者出院。
十九、长养须发，不扎裤腿，穿着俗服，暑天赤身者罚，屡教不改者出院。
二十、夜不归宿，私自应酬经忏，经教育不改者出院。
二十一、同居诸师经常保持殿堂庄严，环境清净，僧房整洁；保护寺内文物及一切庄严法物，注意防火防盗。如有不遵，量情给予批评教育、赔偿、记过处分。
二十二、本寺遵照“丛林出家，遵古禁例，唯依住持一人，僧众并不得各受，违者师徒俱出院”之古制，以住持代表僧团接受出家及在家弟子，由僧团负责考察、教化、摄受、管束。班首、职事及清众一概不得接受出家、在家弟子，违者不共住。
二十三、丛林无僧值，则内外不正，弊何能除，法何能立，为僧值者宜尽心督察，不得徇情。如有违犯规约者，按规定处罚；失罚者，僧值受罚。
遵规守戒、一视同仁。同居大众，各宜珍重。
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